Управление школой осуществляется директором учреждения.
Органы коллегиального управления школ:
-управляющий совет,
-общее собрание работников школы;
-педагогический совет.
Руководитель учреждения - директор МБОУ "Новоатайская СОШ" – Бармина Лариса Петровна.
Общеобразовательное учреждение филиалов не имеет.
Школа структурных подразделений не имеет.